1861 m. buvo baigtas tiesti geležinkelis St. Peterburgas–Varšuva su atšaka į Kybartus (Virbalį). Kazlų Rūdoje pastatyta IV klasės geležinkelio stotis, garvežių depas. Keleiviams buvo pastatytas medinis stoties pastatas. Keleivių stoties funkcijoms pritaikius garvežių depą, senoji stotis buvo parduota.